Come le proteine si parlano tra loro

Science Centric | 22 settembre 2009 13:09 GMT
ricercatori del Burnham Institute for Medical Research (Burnham) hanno individuato i siti per la scissione romanzo enzima caspasi-3 (un enzima che fende proteolytically proteine bersaglio).
Utilizzando una tecnica avanzata di proteomica chiamato N-terminomics, Guy Salvesen, Ph.D., professore e direttore del Apoptosi e Cell Death programma di ricerca del NCI di Burnham-designato Cancer Centre, e colleghi hanno determinato la scissione siti su proteine bersaglio ed ha trovato, in contrasto alla comprensione precedenti, che la caspasi-3 obiettivi di alfa-eliche così come i cicli non strutturati.
Inoltre, i ricercatori hanno scoperto che la caspasi-3 e il substrato si lega alla co-evoluzione.
Il documento è stato pubblicato il 20 settembre sulla rivista Nature Structural and Molecular Biology.

Prima di questo studio, gli scienziati ritenevano che proteasi principalmente unirà in loop non strutturate, parti instabili di proteine che sono facilmente accessibili. La scoperta che la caspasi-3 si unirà anche l'alfa-eliche contraddice un dogma corrente e offre nuove intuizioni proteine vie di segnalazione.

'E' stata una grande sorpresa perché non ci dovrebbe essere nulla per una proteasi ad aggrapparsi in una spirale, 'ha dichiarato il dottor Salvesen. 'Abbiamo scoperto che il concetto di base che non si unirà a eliche è sbagliato. Tuttavia, anche se abbiamo trovato che la proteasi possono eliche fendere, non crediamo che la loro funzione biologica. '

Oltre a determinare i siti scissione, il team ha anche stabilito che le interazioni sono state 'biologicamente significative.' In altre parole, che spaccature alterato la funzione della proteina bersaglio e quelli che hanno avuto poco impatto.

Il team ha provato la caspasi-3 umana e la proteasi stafilococciche endopeptidasi glutamil (Gluc) contro l'Escherichia coli (E. coli) proteosoma. In una seconda serie, il substrato umano caspasi è stata contestata con caspasi-3 umana. I ricercatori hanno trovato siti di scissione mediante N-terminale di proteomica (N-terminomics), in cui spaccati substrati sono contrassegnati con un margine esposto (N-terminale) e analizzato se la spettrometria di massa. I dati ottenuti in questi test sono stati poi confrontati con gli elenchi dei substrati nel Protein Data Bank. In particolare, caspasi-3 non si scindono le proteine E. coli nel modo più efficace, come ha fatto proteine umane. Tuttavia, quando ibrido umano / E. proteine coli sono stati costruiti, scissione è stata notevolmente migliorata, i principali ricercatori a concludere che la caspasi-3 co-evoluzione con i suoi substrati umani.

Perché si alterano le funzioni di altre proteine, come la proteasi caspasi-3 sono essenziali per il cellulare di segnalazione. Capire come e dove si interfaccia con proteine bersaglio migliora la nostra capacità di comprendere l'andamento delle malattie.

Fonte: Burnham Institute