Nuova tecnica genomica scopre corallo transcriptome
Utilizzando una nuova tecnica per la preparazione di cDNA combinato con i più recenti metodi di sequenziamento, i ricercatori hanno scoperto il transcriptome larvale di una scogliera di corallo in costruzione (Acropora millepora).
Il loro studio, descritto nella rivista ad accesso libero BMC Genomics, le caratteristiche della più ampia banca dati di geni e marcatori genetici attualmente disponibili per qualsiasi specie coralline.
Un team di ricercatori di collaborazione presso l'Università del Texas a Austin e Indiana University, guidati da Mikhail Matz e Giovanni Colbourne, hanno messo a punto un nuovo metodo di analisi basato su transcriptome della prossima generazione di tecnologia di sequenziamento 454.
la nuova transcrizione analisi è un costo-efficiente in alternativa al sequenziamento del genoma, quando l'obiettivo è la scoperta di geni codificanti di proteine e marcatori genetici.
Secondo Eli Meyer, il primo autore sulla carta, 'Il nostro metodo affronta specificamente i problemi che avevano ostacolato il sequenziamento del transcriptomes con 454, come omopolimero (A / T), le tracce, adattatore manufatti, e la copertura irregolare trascrizione.'
Il nuovo metodo richiede meno di 1 microgrammo di RNA totale, elimina la necessità di un filone di selezione passo prima di emulsione PCR, e dei risultati in 2-5 volte maggiore 454 sequenza di uscita rispetto a qualsiasi tentativo precedentemente segnalati. Meyer ha detto: 'Questi strumenti per consentire il rapido sviluppo di risorse per la sequenza di qualsiasi organismo a basso costo - a poche settimane e qualche migliaio di dollari.'
Il protocollo descritto nel documento è stato sviluppato per 454-FLX. L'attuale versione del protocollo (disponibile da autori 'sito) è già modificato e testato per lavorare con le più recenti' titanio 'della versione 454.
Oltre a dimostrare la potenza tecnica del metodo, lo studio ha identificato circa 11.000 geni, sulla base della somiglianza con la nota sequenza di proteine, oltre 30.000 i marcatori di variazione genetica, e un certo numero di nuovi geni candidati per i processi legati allo stress. La caratterizzazione del larvale transcriptome per questo ampiamente studiato corallo consentirà la ricerca sui processi biologici sottostanti stress risposte coralli e loro adattamento evolutivo per il cambiamento climatico globale.
Fonte: BioMed Central