Proprio come i membri di un'orchestra sono attivi in tempi diversi, anche se giocando lo stesso pezzo di musica, ogni cellula del nostro corpo contiene la stessa sequenza genetica, ma esprime in modo diverso per dare origine a cellule e tessuti con proprietà speciali.
Integrando i dati di espressione genica di una varietà senza precedenti di campioni di tessuti umani, Alvis Brazma e il suo team al Istituto europeo di bioinformatica, una outstation della European Molecular Biology Laboratory (EMBL), ed i loro collaboratori hanno per la prima volta prodotta una mappa globale di l'espressione genica. L'analisi completa dietro questo panorama unico delle attività di genetica che determina il nostro aspetto, la funzione e il comportamento, pubblicato oggi in Nature Biotechnology.
L'analisi dei dati usati raccolti da 163 laboratori in tutto il mondo che coinvolgono 5.372 campioni umani da tessuti diversi tipi di cellule e le malattie. Maggior parte degli esperimenti trascrittomica confrontare l'espressione genica solo in alcuni tipi di cellule o condizioni e, anche se tecnicamente impegnativo, integrando questi dati su larga scala ha creato un nuovo modo per gli scienziati ad esplorare l'espressione genica. L'analisi è visualizzato come una mappa suddividendo l'umano lo spazio di espressione genica in sei grandi gruppi distinti o 'continenti'.
I continenti emersi dal raggruppamento di campioni con le firme di espressione genica simile. Ciò stabilito l'identità dei sei gruppi: cervello, muscoli, ematopoietiche (sangue correlate); tumori solidi i tessuti e sani; linee cellulari derivate da tessuti solidi; e differenziate le cellule parzialmente. La visualizzazione di questi sottoinsiemi in 3D, i confronti possono essere fatti sul grado di somiglianza in profili di espressione genica la su ogni raggruppamento. Per esempio, l'analisi dei continenti hanno dimostrato che linee cellulari di solito sono più simili l'uno all'altro che a loro tessuto di origine. Bioinformatica Un nuovo servizio che permette a chiunque di esplorare questa mappa espressione è stato sviluppato da Istituto europeo di bioinformatica del quale parte del gene ArrayExpress Expression Atlas risorse ( www.ebi.ac.uk/gxa/ ).
Pubblicazione:
Lukk, M., Kapushesky, M., Nikkilä, J., Parkinson, P., Goncalves, A., Huber, W., Ukkonen, E. & Brazma, A. Una mappa globale dell'espressione genica umana. Natura Biotecnologie , 8 aprile 2010.
Lukk, M., Kapushesky, M., Nikkilä, J., Parkinson, P., Goncalves, A., Huber, W., Ukkonen, E. & Brazma, A. Una mappa globale dell'espressione genica umana. Natura Biotecnologie , 8 aprile 2010.
Contatti: Sonia Furtado, EMBL addetto stampa, Tel: +49 6221 387-8263, e-mail: sonia.furtado @ embl.de