analisi computazionale di piccole, RNA non codificanti, per determinare se miRNA e piccoli RNA nucleolare sono evolutivamente correlati

Questa settimana su PLoS
21 settembre 2009
Gli scienziati dell'Università di Dundee nel Regno Unito hanno utilizzato l'analisi computazionale per lo studio di piccole, RNA non codificanti, in particolare per determinare se miRNA e piccoli RNA nucleolare sono evolutivamente correlati. Nel loro lavoro, hanno trovato una ventina snoRNA-like precursori miRNA cui circostanti regioni genomiche sono molto simili a quelle di snoRNAs. Esse mostrano anche che, cinque sno-come miRNA, miR-151, miR-605, mir-664, miR-215 e miR-140, l'associazione a discherina, un componente dei piccoli complessi ribonucleoproteina nucleolare ", suggerendo che queste molecole hanno conservati alcuni H / ACA snoRNA funzionalità. " Il loro lavoro è stato pubblicato questa settimana su PLoS Computational Biology.

L'Università di Pennsylvania Vivian Cheung e Emory University's Stephanie Sherman ha studiato genoma dei tassi di ricombinazione a livello utilizzando le matrici ad alta densità SNP in uno studio che figurano nella PLoS Genetics. Guardando 2.315 individui caucasici e dei loro figli, hanno trovato sei loci genetici associati a fenotipi ricombinazione, tre dei quali influenza ricombinazione di sesso femminile e tre diversi loci che ricombinazione influenza maschile. Ciascuna delle varianti spiega circa il 10 per cento della variazione, si dice, che "suggerisce un meccanismo di variabilità in ricombinazione che è essenziale per la diversità genetica, mantenendo il numero di ricombinazioni all'interno di una gamma di garantire la segregazione dei cromosomi corretta".

In altri lavori in PLoS Genetics, scienziati francesi presso l'INRA di Marsiglia ha studiato ricombinazione meiotica in Arabidopsis thaliana. Al fine di identificare le proteine coinvolte nella prima fase di ricombinazione meiotica - la formazione di DNA rotture a doppio filamento - hanno eseguito un high-throughput meiotica schermo mutante su oltre 55.000 linee mutanti, ritenendo che ci sono almeno cinque le proteine necessarie per la formazione di rotture a doppio filamento. Nuove proteine, dicono, sono scarsamente conservato tra le specie ", suggerendo che il meccanismo di formazione dei DSB, ma non la sua regolamentazione, è conservata tra gli eucarioti."

Infine, uno studio dai ricercatori del Swiss Federal Institute of Technology's Brain Mind Institute figura PLoS One guardò quali geni sono trascrizionalmente colpiti da γ-secretasi attività. Dopo-up o down-regolazione γ-secretasi in cellule ovariche di criceto cinese, hanno confrontato i due transcriptomes mediante analisi di microarray. Essi hanno identificato 21 geni che sono state particolarmente colpite, tra cui PTPRG e AMN1, dove la trascrizione è stata ridotta, e UPP1, dove è stato aumentato. Questi risultati, si dice, "i dati di supporto sui disturbi del ciclo cellulare rilevanti per il cancro, cellule staminali e la ricerca delle malattie neurodegenerative '."