nuovo metodo di accesso e di decifrare le informazioni incorporate nelle genomi di interesse, con solo minuto quantità di DNA.

li scienziati del US Department of Energy (DOE) genoma misto Institute (JGI) Bigelow e il Laboratorio di Scienze Oceano sono assemblati di alta qualità, priva di un progetto di contaminazione di genomi di biodegradazione incolto microrganismi utilizzando un romanzo singola cella sequenziamento del genoma approccio. La prova di principio studio, pubblicato nella edizione del 23 aprile sulla rivista PLoS One, ricercatori offre un nuovo metodo di accesso e di decifrare le informazioni incorporate nelle genomi di interesse, con solo minuto quantità di DNA.

'La maggior parte dei genomi microbici sequenziato finora sono derivati da organismi coltivate in laboratorio,' ha detto DOE JGI direttore Eddy Rubin. 'Si stima che circa il 99,9 per cento dei microbi che esistono su questo pianeta attualmente eludere i metodi standard di coltura, negando loro l'accesso a materiale genetico, in modo che abbiamo per esplorare altri metodi per caratterizzare loro. Il potere della singola cella genomica è che ci offre la possibilità di risolvere una cella da un complesso ambientale campione, liberare il DNA da quella cella, e enzimaticamente produrre milioni di copie del genoma in modo che che abbiamo abbastanza di sequenza del DNA e caratterizzano il suo potenziale metabolico.

'Nella sua veste di cittadino utente impianto, DOE JGI è dedicata ad aiutare i nostri utenti di espandere l'utilità delle informazioni genomiche di anticipo DOE-missione pertinenti scienza - e in questo caso particolare, sulla nostra comprensione di come il bilancio del carbonio è mantenuta in l'oceano. La singola cella approccio sarà di grande interesse per molti dei nostri utenti che hanno problemi con l'accesso ai loro particolare destinazione genomi. '

Tanja Woyke ei suoi colleghi presso il DOE JGI sequenziati genomi di due flavobacteria incolto, microrganismi marini noti per la loro capacità biopolimero degrado. Il campione ambientale per questo tipo di lavoro - oceani di acqua di superficie - sono stati raccolti nel Maine's Boothbay Harbor. I due sono stati scelti da flavobacteria Bigelow Laboratorio collaboratori Ramunas Stepanauskas e Michael Sieracki, che sono particolarmente interessati a geni che codificano proteorhodopsins.

'Proteorhodopsins consentire alcune cellule microbiche per sfruttare l'energia dalla luce solare in un processo che è molto diverso da fotosintesi,' ha detto alti Stepanauskas autore. 'Metagenomic Recenti studi hanno rivelato che proteorhodopsins sono molto abbondanti e diversificati nel mare. Utilizzando la nostra tecnologia a cella singola sequenza, stiamo iniziando a individuare le specifiche del gruppo di microrganismi che portano proteorhodopsin geni, e di analizzare il contesto genomico che possono far luce sul ruolo della proteorhodopsins nel mare e il loro potenziale nel settore della biotecnologia. '

Una tecnica chiamata fluorescenza attivato la selezione di cellule è stato utilizzato dalla Bigelow scienziati di scegliere i singoli cellule batteriche direttamente dal punto di vista ambientale campione. Le singole cellule sono state poi lisato (soffiato aperte) e un processo chiamato più spostamento di amplificazione è stato applicato a fare milioni di copie del genoma batterico per il sequenziamento. La conseguente flavobacterial genoma sequenze sono circa 80 a 90 per cento completa, un livello sufficiente, Woyke detto, per dimostrare l'utilità della tecnica. Woyke accreditati JGI DOE's Cliff Han e il suo team a Los Alamos National Laboratory (LANL), che ha lavorato sulla chiusura delle lacune nel montaggio.

Anche se la sequenza flavobacteria sono organismi marini, Stepanauskas sottolineato che la cella singola sequenza approccio può essere applicato agli organismi di un certo numero di ambienti, compresi quelli che abitano comunità microbica ambienti estremi, come il caldo piscine, terreni contaminati, e quelli che costituiscono l'umana microbiome. La tecnica si esclude la necessità di coltura prima sequenza, ha detto, perché solo una cella è necessario per la decodifica del genoma.

'Fino a quando è possibile isolare una singola cella, da scegliere per l'ambiente, lyse, si può generare milioni di copie del genoma e che l'accesso alle informazioni all'interno di questo organismo,' Woyke confermato. 'Uno dei principali problemi che ancora ha bisogno di raffinazione è la lisi passo, dal momento che molti microbi non lyse con soluzioni alcaline, l'agente più comune per il lavoro. Ma stiamo attivamente lavorando su questo. '

La capacità di sequenza del DNA di una singola cella era incolto documentato per la prima volta nel 2005 a Roger Lasken della squadra, mentre era a New Haven, società con sede Stadiazione molecolare, ma la tecnica non è stata ancora resa completati genoma. 'Se una copia del genoma rimane intatto, si dovrebbe teoricamente essere in grado di terminare un genoma di una singola cellula,' Woyke detto. Ha inoltre osservato che altri gruppi stanno lavorando per la messa in cellule identiche per avere una migliore possibilità di raggiungere tale obiettivo.

'Tuttavia, ogni cellula microbica può risultare differente, questo è solo uno dei senza risposta, domande di base in biologia, che possono essere finalmente affrontato dalla singola cella genomica,' aggiunto Stepanauskas. 'Anche senza completato genoma assemblee, cella singola sequenza radicalmente offre nuove opportunità per la ricerca di base e delle applicazioni delle biotecnologie microbiche' incolto maggioranza.''

Woyke ha detto che stanno lavorando con diversi DOE JGI collaboratori di applicare la singola cella approccio ad altri organismi di interesse. Uno dei progetti comporta l'esame della comunità microbica all'interno mucca rumine per individuare gli enzimi che rompono cellulosa da materiale vegetale che può essere utilizzato per la prossima generazione di produzione di biocarburanti.

Altri autori dello studio includono DOE JGI Gary's Xie, Cliff Han, Hajnalka Kiss, Jimmy Saw, Pavel Senin, e Chi Yang, Alex Copeland e Jan-Cheng Fang. Altre istituzioni che collaborano sono l'Università di La Laguna (Spagna), l'Università delle Hawaii a Manoa e la National Yang-Ming University (Taiwan).

Fonte: DOE / Joint Genome Institute

.TEMI RILEVANTI

---- STUDI (72) ---- RICERCHE (55) ---- SCOPERTE (45) ---- F O X P 2 (39) ANTROPOLOGIA DELLA COMUNICAZIONE (33) ---- evoluzione (20) ---- DNA (13) ---- INFO (13) ---- geografia Umana in adeguamento (13) ---- INFO foxp2 (12) ---- TEORIA EVOLUTIVA - NEWS (12) ---- INFO influenza suina (8) ---- STUDI. ---- mutazioni (8) ---- EVOLUZIONE rapidita della (7) Studi (7) Scoperte (6) ---- Antropologia culturale (5) ---- Biologia (5) ---- MUTAZIONI (5) ---- NUOVE TEORIE (5) ---- PROTEINE (5) ---- RIPRODUZIONE (5) ---- analisi comportamentali (5) ---- genetica (5) Evoluzione (5) ---- Conferme (4) ---- UCCELLI ---- MUTAZIONI (4) ---- antropologia evolutiva (4) ---- empatia. (4) ---- FIORI (3) ---- MIGRAZIONE UMANA (3) ---- Paleontologia (3) ---- Uccelli (3) ---- alimentazione (3) ---- arte e cultura (3) ---- attivarazione dei geni (3) ---- esperimenti (3) ---- legami genetici (3) ---- origini delle varie popolazioni umane (3) ----gene che determina il colore (3) Algoritmi per l'evoluzione (3) F O X P 2 (3) FOXP2 Origine della forma moderna del gene (3) Neandertal (3) Teoria evolutiva (3) analisi comportamentali (3) ---- Alzheimer (2) ---- Charles Darwin (2) ---- Dinosauri (2) ---- FOTO (2) ---- RNA (2) ---- SPAZIO (2) ---- algoritmi per l'evoluzione (2) ---- cooperazione (2) ---- denti (2) ---- evoluzione ----- due milioni di anni (2) ---- evoluzione del sesso (2) ---- paleontologia. ---- geologia (2) ----- due milioni di anni (2) ----Homo floresiensis---- (2) ----MATRIMONI (2) ----Neanderthal (2) ----Psicologia (2) ----studi (2) Analisi (2) Charles Darwin (2) Creazione di una cellula batterica controllata da una sintesi chimica del Genoma (2) Esplorazione (2) L'origine e l'evoluzione del genere Homo (2) Linguistica evolutiva (2) Oskar mRNA (2) Periodi di tempi geologici (2) Periodi evolutiuvi (2) Ricerche (2) archivio (2) cancro (2) geni che controllano i tratti e che influenzano pertanto il processo di speciazione (2) geni ruolo (2) geni tipo di (2) geografia Umana in adeguamento (2) gusto (2) lotta contro il cancro (2) mutazioni in geni attivi (2) organismi: capacita di adattarsi ai cambiamenti ambientali (2) sapore (2) scenari evolutivi e le forze di base. (2) ---- tirannosauri (1) ---- 100.000 di anni fà (1) ---- 4 (1) ---- 47 milioni di anni fa (1) ---- 700000 anni più vicini agli albori della stirpe umana (1) ---- ANALISI (1) ---- ANTICHI LIBRI. (1) ---- Acoelomorpha (1) ---- Altruismo (1) ---- Cervello (1) ---- Dolore. (1) ---- ENERGIA (1) ---- Ecco come i geni di lavoro. (1) ---- GRUPPI ETNICI (1) ---- Megafossili (1) ---- NEURONI (1) ---- Origini Celtiche (1) ---- PROCESSORI QUANTISTICI (1) ---- STUDI ----MATRIMONI (1) ---- Sesso (1) ---- Smalto (1) ---- Tyrannosaurus rex (1) ---- astronomia (1) ---- datazione della terra (1) ---- ereditarieta (1) ---- filosofia (1) ---- infezioni (1) ---- info news genomica (1) ---- linkage disequilibrium (LD) (1) ---- morte di Lévi-Strauss (1) ---- organi rudimentali (1) ---- pericoli (1) ---- pesci (1) ---- prove (1) ---- provincia meridionale cinese di Guangxi (1) ---- rove (1) ---- studio del dolore (1) ----- Funghi Antichi (1) ----- processi decisionali (1) -----Fair play (1) -----L'assunzione di rischi (1) -----lattasi (1) ----3 (1) ----Ardi. (1) ----Coordinamento (1) ----Homo ergaster (1) ----Homo habilis (1) ----Homo heidelbergensis (1) ----Homo rudolfensis (1) ----L'origine e l'evoluzione del genere Homo (1) ----Late Homo (1) ----Medio Homo (1) ----Nbs1 (1) ----Primi Homo (1) ----RNA (1) ----Storia vertrebati (1) ----complesso MRN (1) ----comunicazione nel cervello (1) ----energia oscura (1) ----genoma di un cavallo domestico (1) ----hobbit (1) ----mappatura del genoma (1) ----meccanismo che impedisce a due specie di riprodursi (1) ----motore che sposta i cromosomi (1) ----uomo moderno (1) 0 milioni di anni fa (1) 1 (1) 3 (1) 4 milioni di anni fa (1) Actina (1) Amore (1) Analisi sui Social (1) Anoiapithecus brevirostris (1) Antropologia culturale (1) Azendohsaurus come Bizarre Reptile Early (1) Biodiversita (1) Cannibalismo (1) Charles Darwin e la teoria Alfred Russel Wallace (1) DNA mutazione (1) Dinosauri (1) Elenco dei periodi archeologici (1) GENETICA PROVE (1) GenePRIMP (1) HMP-microbioma umano (1) Homo sapiens origine. (1) INFO foxp2 (1) Intelligenza emotiva (EI) (1) La lingua come un mezzo universale simbolica (1) La mutazione in corso. (1) Linguaggio (1) Linguisti (1) Migrazione umano (1) News (1) Nosmips che vivevano in Africa quasi 37 milioni di anni fa. (1) Qualità di prova per la famiglia-genoma (1) RIicerca (1) Software come GenePRIMP (1) Srna (1) Studio del dolore (1) TRANSIZIONE EVOLUTIVA (1) amare dal punto di vista antropologico evolutivo. (1) analisi 2010. (1) batteri (1) c (1) cellula sintetica (1) cellula staminali nel cervello umano in sviluppo (1) co-evoluzione della vita e ambiente. (1) comportamenti (1) cooperazione; Scienze della Terra; Meteorologia (1) e resistenti contro gli effetti delle mutazioni. (1) energia naturale (1) evoluzione del sesso (1) evoluzione e vegetali (1) evoluzione primati (1) gene procariotico (1) genomi microbici (1) interazioni (1) interazioni preda simili sulla terra e negli oceani (1) la selezione sessuale e un run-via dell'evoluzione del linguaggio (1) milioni di anni fa (1) motocondri (1) nuova era (1) nuovi metodi statistici per l'analisi genetica e analizzare i dati dagli esseri umani e altri organismi. (1) origine della vita (1) passaggio dall'acqua alla terra (1) percezione della vita (1) pesci (1) predisposizioni cognitive e fisiche per la lingua (1) reciprocità (1) sRNAs (1) selezione ha un ruolo importante da svolgere per l'evoluzione e il livello di diversità (1) studio dei collegamenti sulla variazione genetica di empatia individuale (1) telomeri sono "brevi" tratti di DNA specializzati (1)

ORDINE ALFABETICO

---- tirannosauri (1) ---- 100.000 di anni fà (1) ---- 4 (1) ---- 47 milioni di anni fa (1) ---- 700000 anni più vicini agli albori della stirpe umana (1) ---- Acoelomorpha (1) ---- algoritmi per l'evoluzione (2) ---- alimentazione (3) ---- Altruismo (1) ---- Alzheimer (2) ---- ANALISI (1) ---- analisi comportamentali (5) ---- ANTICHI LIBRI. (1) ---- Antropologia culturale (5) ---- antropologia evolutiva (4) ---- arte e cultura (3) ---- astronomia (1) ---- attivarazione dei geni (3) ---- Biologia (5) ---- Cervello (1) ---- Charles Darwin (2) ---- Conferme (4) ---- cooperazione (2) ---- datazione della terra (1) ---- denti (2) ---- Dinosauri (2) ---- DNA (13) ---- Dolore. (1) ---- Ecco come i geni di lavoro. (1) ---- empatia. (4) ---- ENERGIA (1) ---- ereditarieta (1) ---- esperimenti (3) ---- evoluzione (20) ---- evoluzione ----- due milioni di anni (2) ---- evoluzione del sesso (2) ---- EVOLUZIONE rapidita della (7) ---- F O X P 2 (39) ---- filosofia (1) ---- FIORI (3) ---- FOTO (2) ---- genetica (5) ---- geografia Umana in adeguamento (13) ---- GRUPPI ETNICI (1) ---- infezioni (1) ---- INFO (13) ---- INFO foxp2 (12) ---- INFO influenza suina (8) ---- info news genomica (1) ---- legami genetici (3) ---- linkage disequilibrium (LD) (1) ---- Megafossili (1) ---- MIGRAZIONE UMANA (3) ---- morte di Lévi-Strauss (1) ---- MUTAZIONI (5) ---- NEURONI (1) ---- NUOVE TEORIE (5) ---- organi rudimentali (1) ---- Origini Celtiche (1) ---- origini delle varie popolazioni umane (3) ---- Paleontologia (3) ---- paleontologia. ---- geologia (2) ---- pericoli (1) ---- pesci (1) ---- PROCESSORI QUANTISTICI (1) ---- PROTEINE (5) ---- prove (1) ---- provincia meridionale cinese di Guangxi (1) ---- RICERCHE (55) ---- RIPRODUZIONE (5) ---- RNA (2) ---- rove (1) ---- SCOPERTE (45) ---- Sesso (1) ---- Smalto (1) ---- SPAZIO (2) ---- STUDI (72) ---- STUDI ----MATRIMONI (1) ---- STUDI. ---- mutazioni (8) ---- studio del dolore (1) ---- TEORIA EVOLUTIVA - NEWS (12) ---- Tyrannosaurus rex (1) ---- Uccelli (3) ---- UCCELLI ---- MUTAZIONI (4) ----- due milioni di anni (2) ----- Funghi Antichi (1) ----- processi decisionali (1) -----Fair play (1) -----L'assunzione di rischi (1) -----lattasi (1) ----3 (1) ----Ardi. (1) ----complesso MRN (1) ----comunicazione nel cervello (1) ----Coordinamento (1) ----energia oscura (1) ----gene che determina il colore (3) ----genoma di un cavallo domestico (1) ----hobbit (1) ----Homo ergaster (1) ----Homo floresiensis---- (2) ----Homo habilis (1) ----Homo heidelbergensis (1) ----Homo rudolfensis (1) ----L'origine e l'evoluzione del genere Homo (1) ----Late Homo (1) ----mappatura del genoma (1) ----MATRIMONI (2) ----meccanismo che impedisce a due specie di riprodursi (1) ----Medio Homo (1) ----motore che sposta i cromosomi (1) ----Nbs1 (1) ----Neanderthal (2) ----Primi Homo (1) ----Psicologia (2) ----RNA (1) ----Storia vertrebati (1) ----studi (2) ----uomo moderno (1) 0 milioni di anni fa (1) 1 (1) 3 (1) 4 milioni di anni fa (1) Actina (1) Algoritmi per l'evoluzione (3) amare dal punto di vista antropologico evolutivo. (1) Amore (1) Analisi (2) analisi 2010. (1) analisi comportamentali (3) Analisi sui Social (1) Anoiapithecus brevirostris (1) Antropologia culturale (1) ANTROPOLOGIA DELLA COMUNICAZIONE (33) archivio (2) Azendohsaurus come Bizarre Reptile Early (1) batteri (1) Biodiversita (1) c (1) cancro (2) Cannibalismo (1) cellula sintetica (1) cellula staminali nel cervello umano in sviluppo (1) Charles Darwin (2) Charles Darwin e la teoria Alfred Russel Wallace (1) co-evoluzione della vita e ambiente. (1) comportamenti (1) cooperazione; Scienze della Terra; Meteorologia (1) Creazione di una cellula batterica controllata da una sintesi chimica del Genoma (2) Dinosauri (1) DNA mutazione (1) e resistenti contro gli effetti delle mutazioni. (1) Elenco dei periodi archeologici (1) energia naturale (1) Esplorazione (2) Evoluzione (5) evoluzione del sesso (1) evoluzione e vegetali (1) evoluzione primati (1) F O X P 2 (3) FOXP2 Origine della forma moderna del gene (3) gene procariotico (1) GenePRIMP (1) GENETICA PROVE (1) geni che controllano i tratti e che influenzano pertanto il processo di speciazione (2) geni ruolo (2) geni tipo di (2) genomi microbici (1) geografia Umana in adeguamento (2) gusto (2) HMP-microbioma umano (1) Homo sapiens origine. (1) INFO foxp2 (1) Intelligenza emotiva (EI) (1) interazioni (1) interazioni preda simili sulla terra e negli oceani (1) L'origine e l'evoluzione del genere Homo (2) La lingua come un mezzo universale simbolica (1) La mutazione in corso. (1) la selezione sessuale e un run-via dell'evoluzione del linguaggio (1) Linguaggio (1) Linguisti (1) Linguistica evolutiva (2) lotta contro il cancro (2) Migrazione umano (1) milioni di anni fa (1) motocondri (1) mutazioni in geni attivi (2) Neandertal (3) News (1) Nosmips che vivevano in Africa quasi 37 milioni di anni fa. (1) nuova era (1) nuovi metodi statistici per l'analisi genetica e analizzare i dati dagli esseri umani e altri organismi. (1) organismi: capacita di adattarsi ai cambiamenti ambientali (2) origine della vita (1) Oskar mRNA (2) passaggio dall'acqua alla terra (1) percezione della vita (1) Periodi di tempi geologici (2) Periodi evolutiuvi (2) pesci (1) predisposizioni cognitive e fisiche per la lingua (1) Qualità di prova per la famiglia-genoma (1) reciprocità (1) Ricerche (2) RIicerca (1) sapore (2) scenari evolutivi e le forze di base. (2) Scoperte (6) selezione ha un ruolo importante da svolgere per l'evoluzione e il livello di diversità (1) Software come GenePRIMP (1) Srna (1) sRNAs (1) Studi (7) studio dei collegamenti sulla variazione genetica di empatia individuale (1) Studio del dolore (1) telomeri sono "brevi" tratti di DNA specializzati (1) Teoria evolutiva (3) TRANSIZIONE EVOLUTIVA (1)